Klášter stál na tomto místě již v roce 1284. Původně minoritní, později františkánský klášter byl v období husitských válek zcela zničen a tak františkáni byli nuceni odejít.
Na konci 15.století byl klášter s povolením krále Vladislava Jagellonského opraven i s kostelem Nanebevzetí Panny Marie a opět se do něj františkáni vrátili.
Klášter však nebyl ušetřen ani na počátku třicetileté války, kdy byl v roce 1619 vypleněn stavovským vojskem generála Jana z Bubna. Přitom došlo k tkz. Bechyňskému zázraku, který z kostela Nanebevzetí Panny Marie učinil jedno z nejnavštěvovanějších poutních míst. Jako zázrakem přežily řádění a ničení, kdy byly po kostele rozházeny i ostatky rodu Šternberků, dvě piety Panny Marie Bezbolestné a socha Ukřižování Páně. Úcta k těmto památkám prudce vzrostla a začali sem proudit lidé z širého okolí. Velký zájem poutníků o toto místo přiměl hraběnku Marii Terezii Štenberkovou zvětšit původní barokní kapli, čímž získala neobvyklý osmiboký půdorys.
Čtvercový klášterní dvůr je obehnán ambitem, který je stejně jako sakristie, kostelní dvoulodí a západní předsíň sklenut sklípkovou klenbou. Jedná se tak o nejrozsáhlejší systém tohoto druhu klenby na území České republiky.
K nejstarším památkám kláštera patří pozdně gotická nástěnná malba z období kolem roku 1520, znázorňující Poslední soud. Velice cenný je i bohatě zdobený oltář kostela z roku 1780 nebo obrazy Františka z Assisi a sv. Antonína Paduánského. Za zmínku stojí i čtyři renesanční náhrobky Ladislava a Jana Šternberka, Johany Švihovskéz Riesenburku a Kryštofa ze Švamberka.
Klášterní zahrada sloužila františkánům jako ovocná, zelinářská, pro pěstování květin, k chovu domácích zvířat ale i k odpočinku a přispívala tak k hospodářské samostatnosti kláštera.
V roce 1881 zde bylo vysázeno 5 lip, aby dělaly trochu stínu na dvoře. Dodnes tu zůstaly už jen tři.
Z terasovité klášterní zahrady jsou nádherné výhledy do údolí řeky Lužnice a na unikátní most Bechyňská duha.
V klášteře dnes sídlí Základní umělecká škola. Její pedagogové založili v 90 letech občanské sdružení Klášter, které pořádá v historických prostorách této památky různé divadelní i hudební akce, výstavy apod.
